Fakultas Farmasi UGM sebagai salah satu institusi pendidikan mempunyai komitmen untuk mewujudkan tercapainya kompetensi lulusan melalui Program Pascasarjana.
Program Pascasarjana Fakultas Farmasi menyelenggarakan Program Doktor (S3) terstruktur sesuai dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI no. 217/99 tentang Pedoman Penyelenggaraan Program Doktor. Pelaksanaan program terstruktur iini memberikan jaminan kepada peserta untuk dapat menyelesaikan studi tepat waktu.
Program Doktor di UGM merupakan pelopor pelaksanaan pendidikan S3 di Indonesia. Program Doktor ilmu farmsi yang merupakan jenjang pendidikan formal tertinggi di perguruan tinggi kefarmasian, menawarkan beberapa pilihan keilmuan : Biologi Farmasi, Farmakologi dan Toksikologi, Farmasetika, Kimia Farmasi, dan Farmasi Sosial. Program ini diasuh oleh staf pengajar yang mempunyai reputasi akademik dan penelitian dalam sekala nasional dan internasional, serta ditunjang oleh fasilitas pendidikan (ruang kuliah, laboratorium, perpustakaan, sarana multi-media dan internet) yang sangat memadai.